STIKES Muhammadiyah Kudus berubah bentuk menjadi Universitas Muhammadiyah Kudus (UMKU) sesuai SK KEMENRISTEKDIKTI Republik Indonesia Nomor : 879/KPT/I/2018 tertanggal 12 Oktober 2018. Universitas Muhammadiyah Kudus memiliki 11 (sebelas) Fakultas yaitu Fakultas Kebidanan, Fakultas Keperawatan, Fakultas Farmasi, Fakultas Kesehatan, Fakultas Gizi, Fakultas Ekonomi & Bisnis, Fakultas Hukum, Fakultas Komputer, Fakultas Keguruan & Pendidikan, Fakultas Teknik, dan Fakultas MIPA.
Fakultas Komputer didirikan sesuai dengan SK Badan Pembina Harian Universitas Muhammadiyah Kudus No 09/BPH-UMKU/X/2018 tertanggal 17 Oktober 2018. Fakultas Komputer Universitas Muhammadiyah Kudus mempunyai 2 (dua) Program Studi yaitu Program Studi S-1 Ilmu Komputer dan Program Studi S-1 Sistem Informasi.